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資料集−最もシンプルで分かりやすいPubMed 検索法

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下記の説明は,pdfファイルでも提供しています.

「最もシンプルで分かりやすいPubMed検索法」pdfファイルはこちら

※PubMedのインターフェースは随時変更されます.ここで解説しているのは,2012年5月14日現在のversion 2.2です.


最もシンプルで分かりやすいPubMed検索法

PubMedで検索をした経験はあるけれど,なかなかいい論文を探し当てられないということはありませんでしたか.ここでは,PubMedの最もシンプルな検索法について図示しながらご紹介します.

※検索結果は2011年8月21日の時点のものです.PubMedは常にインターフェースを改良していますので,実際の検索画面がここで例示している画面と異なる場合と異なる場合があります.ご了承下さい.

例えば,以下のPICOについて,実際にPubMedを用いて検索をしてみましょう.

Patient: 高血圧患者が
Intervention: 利尿剤を服用するのは
Comparison: カルシウム拮抗剤を服用するのと比べて
Outcome: 死亡率が下がるか
疑問のカテゴリー:  予防

まず,それぞれの項目からキーワードを抽出して,検索語に変換します. PubMedで検索を行う際には検索語は(当然)英語でなければなりません.抽出したキーワードに対応する英語の検索語が分からないときには,無料で使用できるスペースアルク(http://www.alc.co.jp)の「英辞郎on the WEB」を用いるのが便利です.PCで利用できる英辞郎(EDP(http://www.eijiro.jp)から1,980円で購入可能)やiPhone版(i英辞郎,1,000円)もあります.

Patient: →高血圧 →hypertension
Intervention: →利尿剤 →diuretics
Comparison: →カルシウム拮抗剤 →calcium antagonist
Outcome: →死亡率 →motality
疑問のカテゴリー:  →ランダム化比較試験  →Randomized Contolled Trial

PICOの各項目から抽出するキーワードは,各項目2つ以上あっても構いません.ただ,あまりキーワードをたくさん組み合わせると検索したときに絞られすぎてしまい,いい論文を逃してしまう可能性があるので注意が必要です.検索語が決まったら,検索に使う順位を決めます.この場合,Patient → Intervention/Comparison → カテゴリー → Outcomeの順番で検索語を加えていくのがコツです.Outcomeを最後にするのは,治療の効果として期待するものにはいろいろバリエーションがあるからです.例えば,上記のPICOでは,Outcomeとして死亡率が設定されていますが,脳卒中発症率,心不全発症率,低カリウム血症,腎障害などの副作用といった具合に,いくつも設定することができてしまいます.
  例えば,以下のように順位付けをしたとします.

@hypertension

Adiuretics

Bcalcium antagonist

CRandomized Controlled Trial

Dmortality

これで準備ができたので,実際にPubMed検索を行ってみましょう.まず,PubMedのホームページ(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed)を表示させます.


最初に,1番目の検索語であるhypertensionで検索します.この時,ただhypertensionをそのまま検索するのではなく,MeSH termとして検索をします.MeSHとはMedical Subject Headingsの略で,Medlineでの統制語です.例えば胃癌の論文について検索したいとします.このとき,胃のことをstomachという論文もあれば,gastricという論文もあるでしょう.癌についても同様で,cancerという論文もあるでしょうし,adenocarcinomaという論文もあります.これでは,思いついた単語だけでなく似たような単語を全部入れてみないと肝心な論文が漏れてしまう可能性があります.また逆に,この研究で肺癌の患者は除いた,という記述があるだけで検索されてしまいます.こうした不都合をなくすため,胃癌なら胃癌という語句は何か統一したキーワードを登録して検索を容易にしようという工夫がなされています.このキーワードがMeSH termであり,MeSH termを用いることで効率よく検索ができるのです.実際には胃癌は,Stomach neoplasmsというMeSH termで登録されています.


では,hypertensionをMeSHで検索してみましょう.検索ボックスにhypertensionを入力します.最初の画面では,検索ボックスの左にPubMedとありますが,それをクリックするとプルダウンメニューが出てくるので,真ん中辺りにあるMeSHを選択して,検索ボックスの右のSearch)をクリックします.すると,hypertensionのMeSH termを検索することができます.


MeSHの検索結果画面に表示された候補のうち,最も適したもの(多くの場合は最初のもの)にチェックを入れ,右にあるPubMed search builderのAdd to search builderボタンをクリックします.するとPubMed search builderのBoxに”Hypertension”[Mesh]と表示されるので,その下にあるSearch PubMedボタンをクリックしてPubMed検索します.


"Hypertension”[Mesh]のPubMed検索結果の画面が表示され,194,896件hitしたことが分かります.

これでは論文数が多すぎるので,次に2番目の検索語であるdiureticsのMeSH termを同じ手順で検索します.


最初の"Diuretics"[Mesh]が適切と思われるので,チェックしてAdd to search builderボタンをクリックしてBoxに加え,Search PubMedをクリックして,"Diuretics"[Mesh]で検索します.


"Diuretics"[Mesh]の検索では,24,290件hitしたので,先ほどの"Hypertension”[Mesh]と組み合わせてAND検索します.検索ボックスの下にあるAdvancedをクリックすると,これまでの検索履歴が新しいもの順に表示されます.


"Diuretics"[Mesh]の先頭にある#2(番号は異なる可能性あり)を(左)クリックすると,検索ボックスに「#2」が追加されます..次に,"Diuretics"[Mesh]についても同様に#4をクリックし,検索ボックスに「(#2) AND #4」と表示されたら,検索ボックスの右にあるSearchをクリックします.そうすると検索でhitした論文の一覧が表示されますが,このとき,Searchの代わりにPreviewをクリックすると,Search Historyの画面のままで新しい検索結果が一番上に1行追加されます.


Hypertensionとdiureticsという2つの検索語を掛け合わせた検索で,5,960件まで絞り込むことができました.まだ件数が多いので,3番目の検索語を掛け合わせてみましょう.


同様にcalcium antagonistのMeSH termを検索します.最初に出てきたCalcium Channel Blockersが該当するので,チェックしてAdd to search builderボタンをクリックしてBoxに加え,Search PubMedをクリックして,PubMed検索します.


"Calcium Channel Blockers"[Mesh]は31,931件hitしました.


先ほどの2語の検索を繋げて3語で検索するために,再びAdvanceの画面で,#5と#7を(左)クリックし,検索式を「(#5) AND #7」としてPubMed検索します.


その結果,1,034件まで絞ることができました.しかしまだ全部を見るには数が多いので,4つめの検索語であるRandomized Controlled Trialを加えることにします.Randomized Controlled Trialを加える際にはMeSH termの検索を行わず,Filter(以前はLimitと呼ばれていました)と呼ばれる絞り込み検索を用います.検索結果の左にあるFilterの一覧の中からArticle TypeにあるRandomized Controlled Trialをクリックします. すると検索結果の画面に移り,タイトルリストの上に「Filters activated: Randomized Controlled Trial」と表示され,絞り込み検索が行われたことが示されます.その結果,142件まで絞り込むことができました.この程度ならタイトルをチェックして自分が欲しい論文を見つけることは可能なので,概観してみます. このFilterは,もう一度クリックすれば解除されます.また,「Filters activated: Randomized Controlled Trial」の右にある「Clear all」で全てのFilterを解除することができます.

Randomized Controlled Trialで絞り込んでもなお件数が多いということは,多くのランダム化比較試験が行われていることを意味します.その場合は,システマティックレビューが存在しないか調べてみるといいでしょう.システマティックレビューとは,ランダム化比較試験を集めて質を評価し,その結果を統合したものです.先ほどのFilterの画面のArticle typeで,Randomized Controlled Trialを外し,Meta-Analysisをクリックして検索をします.そうすると,26件に絞られました.

  どのくらい絞られたらタイトルを概観するかは英文の得意不得意やその時の気力によりますが,経験的にはおおよそ50〜200件程度になったら,それ以上は絞らない方が良いと思われます.MeSH termは,indexerと呼ばれる米国医学図書館の職員が各論文を1本ずつ読んで手作業で付しているので,時として間違いを生じることがあります.そのため,あまり多くの検索語で絞ってしまうと,重要な論文を不用意に洩らしてしまう可能性が高くなり,注意が必要です.組み合わせる検索語の数はなるべく少なくするように心懸けるといいでしょう.

Clinical Queries

もっと簡単に論文を検索したい!という方に,PubMedの裏技の1つをお伝えします.それは,Clinical Queriesと呼ばれるもので,検索語を入れると,自動的に検索式を生成して,最適な論文を見つけてくれるというものです.


PubMedのトップ画面の中央下にClinical Queriesという文字があるので,それをクリックします.


Search Clinical Study Categoryという見出しが現れ,その下に検索ボックスがあります.検索ボックスの中に,Patient,Intervention,Comparisonまでをスペースで繋いで,hypertension diuretics calcium antagonistと入力します.この時ANDは不要です.“”で括る必要もありません.


検索ボックスの下にはClinical Study Categories,Systematic Reviews,Medical Geneticsの3つが並んでいます.臨床上よく使うのは左の2つで,Clinical Study Categoriesでは,どのようなカテゴリーの論文を探したいかを設定することができます.CategoryをTherapyに設定するとRandomized controlled trialが検索できます.ScopeはデフォルトではBroadになっていますが,これでは感度を重視して広く検索いるため,不要な論文がたくさん入ってきます.


ScopeをNarrowに変えると特異度を重視してより関連の深い論文のみを選び出すので,hitする論文数が2,741件から622件に減りました.最初の5件のタイトルが表示されています.MeSHを用いた検索とはhit数が違いますが,これは検索式の違いです.どちらの方がより疑問に合った論文を見つけることができるかはケースバイケースなので,両方試してみてもいいかも知れません.
  中央には,システマティックレビューの検索結果が表示されています.今回の検索では158件がhitしました.もっと絞りたいと思ったら,検索語に5番目のmortalityを入れてみるといいかもしれません.




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